La corte di Rodolfo II a Praga nel Cinquecento, imperatore del Sacro Romano Impero appassionato di scienza e di esoterismo, vanta la presenza di due dei migliori matematici di tutti i tempi: il danese Tycho Brahe e il tedesco Giovanni Keplero, astronomi che sostennero rivoluzionarie ipotesi sulla natura dell'universo. In uno dei momenti più appassionanti della storia della scienza, a corte fa la sua comparsa il Manoscritto Voynich, un testo singolare e misterioso redatto in un linguaggio incomprensibile, di cui Rodolfo II è il presunto committente.
Spagna, oggi: Héctor è un giovane gesuita che insegna scienze in una piccola città di provincia, appassionato di Internet, astronomia e matematica. Attraverso la rete, fa parte di un gruppo che da qualche anno cerca di penetrare i segreti del Manoscritto Voynich, che dopo oltre quattro secoli non è ancora stato decifrato. Héctor scoprirà un numero sempre crescente di misteriosi eventi che ruotano attorno a questo libro, come le strane circostanze della morte di Brahe. Tycho Brahe è stato assassinato da Keplero? Il manoscritto è veramente un antico testo esoterico o una frode? Oppure si tratta di un misterioso trattato di alchimia?